无蹼壁虎EMC3基因cDNA全长克隆与进化分析

为了探究无蹼壁虎(Gekko swinhonis)EMC3 基因(命名为GsEMC3)的序列特征,了解GsEMC3 蛋白的结构和功能,探讨GsEMC3 蛋白与其他物种EMC3 蛋白的进化关系,采用SMART RACE技术克隆获得了GsEMC3 的全长cDNA序列,通过信息学分析阐明了GsEMC3 基因的序列特征以及GsEMC3 蛋白的结构和功能,系统发育和选择压力分析研究了GsEMC3 的进化特征.GsEMC3 基因的cDNA全长为 1 023 bp,包含 1 个 786 bp的开放阅读框,基因编码 1 个含 261 个氨基酸的多肽.GsEMC3 蛋白的相对分子质量约为 30.074×103,理论等电点为 5.57.生物信息学分析表明,无蹼壁虎GsEMC3 为疏水性非分泌型蛋白,有 2 个跨膜区,可能是一个动态定位的蛋白,无信号肽,直接在细胞内发挥作用.其分子量与已知的其他物种的EMC3 蛋白相近.GsEMC3 蛋白含有 1 个DUF106 结构域,二级结构包含 12 个α-螺旋、1 个β-折叠、13 个无规则卷曲.系统发育分析表明,无蹼壁虎GsEMC3 蛋白序列与美国短吻鳄(Alligator mississippiensis)、安乐蜥(Anolis carolinensis)、绿海龟(Chelonia mydas)、科莫多巨蜥(Varanus ko-modoensis)等爬行动物的EMC3 蛋白序列高度同源.选择压力分析表明,无蹼壁虎的GsEMC3 蛋白受到纯化选择,其功能可能高度保守.