经福州海关关区输入的境外新型冠状病毒基因组特征分析

目的 对经福州海关关区输入的境外新型冠状病毒感染者标本进行全基因组测序,了解关区范围内输入性新型冠状病毒全基因组特征及变异情况,为新冠疫情防控中的新冠病毒溯源提供参考.方法 采用靶向扩增方法结合二代测序技术获得新型冠状病毒全基因组,应用在线分析平台及序列分析软件,判断病毒型别,分析病毒突变位点;构建系统发育树,并结合病例流行病学资料进一步证实病毒的来源.结果 获得30株2021年5月至2022年4月期间输入性新型冠状病毒感染者的SARS-CoV-2全基因组序列.Pangolin分型显示30株病毒分别属于R.1进化分支、Alpha变异株(B.1.1.7)、Beta 变异株(B.1.351)、Delta 变异株(B.1.617.2)和 Omicron 变异株(B.1.1.529),2022 年 1 月之后的毒株均为Omicron变异株,分别属于BA.1和BA.2两种进化分支.全基因组核苷酸突变位点分析显示,与武汉参考株(NC_045512.2)相比30个SARS-CoV-2基因组序列核苷酸突变为24～71个,核苷酸突变位点在全基因组中分布不一致,突变位点数较多的分别是S基因、ORF1a基因、ORF1b基因和N基因.在氨基酸水平上,30株病毒S蛋白存在8个非特征性突变位点,其余突变位点均为相应谱系的特征性突变位点(75％以上同谱系流行株共有的突变位点).核苷酸系统进化树分析显示,输入性病毒与来源地区流行毒株相似度较高.结论 对福州海关关区输入的新冠肺炎感染者标本进行病毒全基因组测序,获得30个SARS-CoV-2序列.分析表明输入病毒株存在多种不同谱系,核苷酸突变差异导致了氨基酸的特征性突变和非特征性突变,可以为新冠疫情防控中的病毒溯源提供了依据.