基于生物信息学的系统性硬化症潜在miRNA-mRNA调控网络的构建

目的 基于生物信息学分析构建系统性硬化症 (SSc) 潜在的微RNA (miRNA) -mRNA调控网络.方法 使用GEO2R工具对基因表达图谱 (GEO) 数据库进行分析,筛选出SSc患者和正常健康者之间的差异表达miRNA (DEM).通过miRNet网站检索DEM靶基因,FunRich软件分析靶基因的转录因子,利用DAVID在线分析工具对靶标基因进行基因本体 (GO) 注释和京都基因与基因组数据库 (KEGG) 通路富集分析.STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络和DEM-Hub基因调控网络,利用GSE146093数据集评估和验证Hub基因的表达.结果 筛选出26个DEM,其中2个上调,24个下调.共检索出5450个靶基因,这些靶基因主要富集于P53信号通路、FOXO信号通路、DNA转录和细胞间黏附等,借助FunRich分析发现SP1和YY1为这些靶基因的主要转录因子.通过构建DEM-Hub基因网络发现,大部分Hub基因可能受到miR-455-3p、let-7e-5p和miR-149-5p的调控.GSE146093数据集中UTP15、PTBP1的表达一致.因此推测let-7e-5p-UTP15、miR-4440-PTBP1是潜在的调控靶点.结论 构建了SSc潜在的miRNA-mRNA调控网络,即let-7e-5p-UTP15、miR-4440-PTBP1是潜在的调控靶点.