基于网络药理学联合加权基因共表达网络分析探究雷公藤治疗系统性红斑狼疮的免疫作用机制

目的 运用网络药理学联合加权基因共表达网络分析(WGCNA)探究雷公藤治疗系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)的潜在作用机制.方法 利用TCMSP数据库检索雷公藤的主要活性成分,并挖掘活性成分相关靶点,通过GEO平台下载SLE相关基因芯片GSE65391,使用R软件limma包进行差异分析,并运用WGCNA筛选出的模块基因作为疾病靶点基因.R软件Venn Diagram包进行交集分析并可视化.利用ADEx平台对交集靶点基因的表达情况进行Meta分析.采用R软件clusterProfiler包对交集靶点基因进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.采用Cytoscape软件进行"药物–活性成分–共同靶点"网络的构建与分析.将交集靶点基因上传至STRING数据库,把结果数据导入至Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络并筛选核心靶点基因.表达量分析、PPI分析、诊断效能分析被用于展示核心靶点基因的作用与临床价值.采用PyMOL软件对核心活性成分与核心靶点基因进行分子对接验证.利用R软件并通过CIBERSORT算法对样本的免疫细胞分布进行计算.结果 共筛选出有效活性成分50个,成分相关靶点690个,WGCNA关联模块基因1215个;KEGG通路分析,主要涉及Toll样受体等信号通路;筛选出山柰酚、雷公藤甲素、triptofordin B1、异落叶松脂素4个核心成分和SIRT1核心靶点基因.分子对接结果显示,山柰酚和雷公藤甲素与SIRT1具有稳定的结合能力.免疫浸润分析结果显示,SIRTI主要通过抑制中性粒细胞发挥抗SLE作用.结论 雷公藤可能从抗炎、调节免疫细胞功能等多方面发挥对SLE的治疗作用,为雷公藤治疗SLE提供了研究思路和理论支撑.