基于转录组测序筛选大口黑鲈食性驯化相关基因和SNP标记

采用人工驯食方法改变肉食性鱼类的食性是其养殖过程中的关键环节,但目前对鱼类食性驯化的分子遗传机制了解甚少.为了获得大口黑鲈(Micropterus salmoides)食性驯化相关基因和标记,本研究以1月龄大口黑鲈"优鲈3号"为研究对象,对驯化其摄食人工配合饲料后的易驯食组和不易驯食组脑和肝脏组织进行转录组测序和分析.结果表明,共获得51255万条高质量clean reads,注释到27930个基因,易驯食组和不易驯食组脑和肝脏组织中差异表达基因分别为362和3389个,其中参与调控食性驯化的基因64个,如周期蛋白(period,PERs)、视紫红质(rhodopsin,RHO)、视黄醇脱氢酶(retinol dehydrogenase,RDHs)、角鲨烯单加氧酶(squalene monooxygenase,SQLE)、胆汁酸输出泵(bile salt export pump,BSEP)、瘦素(leptin,LEP)等主要分布在昼夜节律、光传导、视黄醇代谢、类固醇生物合成、胆汁分泌和PI3K-AKT信号通路中,这些通路在环境适应、视觉系统、消化代谢、食欲控制等生物过程中发挥重要作用.从不易驯食组和易驯食组的差异表达基因中筛选出21465个SNP标记,进一步采用SNaPshot技术对其中14个SNP标记在易驯食和不易驯食群体中进行验证并与驯食性状进行关联分析,结果显示仅RDH12基因中的chr15-A+8322808G位点与驯食性状存在显著关联性(P＜0.05),其AA基因型为易驯食个体的优势基因型.本研究分别获得了与大口黑鲈驯食性状相关基因64个和SNP标记1个,为分子标记辅助大口黑鲈食性驯化遗传改良提供了候选基因和标记.