基于家蚕中肠、脂肪体转录组数据的SNP/Indels位点分析

为了解家蚕转录组中SNP/Indel位点的分布及序列特征,采用转录组测序技术对2个品种彩4、东肥家蚕的中肠、脂肪体组织分别进行高通量测序,并对含有SNP/Indel位点的基因功能进行GO、KEGG注释.结果表明,家蚕中肠、脂肪体转录组数据质量合格,分别检索到10万、7万多个SNP/Indel位点.脂肪体的SNP位点数量均少于中肠;彩4、东肥脂肪体每个unigene上的平均SNP位点数量分别为5.84、5.31;中肠每个unigene上的平均SNP数量分别为7.69、7.31个.SNP类型中,转换均高于颠换.A/G、C/T2种转换类型在所有SNP类型中所占比例最高,颠换类型中则是A/T占比最高.脂肪体组织的Indel位点数目都小于中肠.插入突变的数目均高于缺失突变;在插入突变和缺失突变的核苷酸类型中,单核苷酸占比最高.下游区分布的SNP/Indel位点数最多,其次是外显子与基因间隔区.含有SNP/Indel位点的unigene主要富集在与物质代谢、能量代谢紧密相关的通路.说明转录组SNP/Indel位点非常丰富,可为家蚕品种鉴定、亲缘关系鉴定、遗传育种等提供基础信息.