基于分子对接技术筛选抗新型冠状病毒的先导化合物

目的 以冠状病毒纤突蛋白(S蛋白)和血管紧张素转化酶2(ACE2)受体的结合蛋白为靶标,基于本课题组前期建立的"配伍-拼合"中药活性成分库,筛选具有抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的小分子抑制剂.方法 根据SARS-CoV-2的病毒学和感染机制,采用Q-Site Finder确定S蛋白和ACE2受体的结合蛋白结构模型上的活性位点,采用分子对接技术,对白桦脂酸类、薯蓣皂苷元类、甾醇类、鬼臼毒素类4类120种化合物开展潜在药物筛选研究,结合打分值以及相同结构母核的成分之间比较,获得并验证具有抗SARS-CoV-2潜在活性的先导化合物.结果 以Q-Site Finder预测得到的活性位点作为本次分子对接的关键受体残基,白桦脂酸和薯蓣皂苷元母核具有较好的结合能力,打分值前3％ 的化合物为3β-O-乙酰化胆甾醇(-13.1 kcal·mol-1)、BH-11(-12.9 kcal·mol-1)、BH-12(-12.9 kcal·mol-1),鬼臼毒素结构母核不适合开展相关研究,取结合能绝对值较高的化合物与冠状病毒主要蛋白酶(3CLpro)蛋白对接验证了上述结果.结论 白桦脂酸和薯蓣皂苷元母核化合物以及3β-O-乙酰化胆甾醇、BH-11、BH-12具有潜在的抗SARS-CoV-2活性,为后续抗SARS-CoV-2新药研发提供参考.