2013-2019年全国手足口病ECHO-9的分子流行病学研究

埃可病毒9型(Echovirus 9,ECHO-9)是引起无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)和手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)暴发流行的重要病原体,但目前全球关于ECHO-9分子流行病学研究仍比较匮乏,ECHO-9基于VP1全长的基因分型结果尚未明确.本研究依托国家HFMD监测网络,2013-2019年在中国大陆共分离到15株ECHO-9毒株,对其进行VP1区全长序列测定和分析,并与GenBank中下载的全部112条ECHO-9 VP1区全长序列共同构建系统发育进化树.结果显示,全球ECHO-9分为A-G七个基因型,其中C、D和F基因型可被进一步划分为C1-C2,D1-D4和F1-F2基因亚型.各洲之间优势基因型别有显著差异,亚洲和欧洲分别以D和C基因型为绝对优势基因型.中国大陆ECHO-9优势基因型别为D基因型,但其优势基因亚型随时间推移有明显转变.2000-2005年,中国大陆ECHO-9全部为D1基因亚型,2006年开始出现D1、D2和D3基因亚型的共同流行,2010年后D1和D2基因亚型消失,D3成为中国大陆绝对优势基因型别.本研究测定的15株ECHO-9分离自2013-2019年,其中14株属于D3基因亚型,1株江西ECHO-9为C2基因亚型,推测其可能来源于境外.本研究建立了全球ECHO-9基于VP1全长的基因分型方法,揭示了ECHO-9在全国及全球范围的分子流行特征.