基于COⅠ-D-loop-ITS1序列的4个稻田养殖鲤群体遗传多样性研究

鱼类遗传多样性与其环境适应能力和遗传进化潜能密切相关.为了了解我国华南地区稻田养殖鲤不同地理群体的遗传背景,通过PCR扩增细胞色素氧化酶Ⅰ(cytochrome oxidase subunit Ⅰ,CO Ⅰ)-线粒体控制区(displacement loop region,D-loop)-内转录间隔区(internal transcribed spacer 1,ITS1)串联序列和序列比对,分析了4个鲤(Cyprinus carpio)群体(广东连南(LN),广东乳源(RY),广西金边鲤(JB),广西三江(SJ))的遗传多样性和遗传结构.结果表明:CO Ⅰ-D-loop-ITS1串联序列长度为1 842 bp,共检测到71个变异位点(包括28个单变异位点和43个简约信息位点)和33种单倍型,JB和RY群体的单倍型较多(各为11种),各群体间无共享单倍型.LN群体的单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)最高(0.824),JB群体的核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)最大(0.002 78),SJ群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均为最低(Hd=0.662;Pi=0.000 56).遗传差异分析结果表明,SJ与JB群体之间的遗传距离最小(0.004 6),LN与RY群体之间的遗传距离最大(0.008 7),各群体间遗传分化显著(FST(F-statistics)＞0.25,P＜0.01).分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)结果表明,群体间变异占总变异的70.65％.个体系统进化树表明CO Ⅰ-D-loop-ITS1序列能够将4个鲤鱼群体的个体完全区分开,优于单个基因的聚类效果.种群系统进化树中SJ与JB群体先聚为一小支,再与RY群体聚为一大支,而LN群体独立聚为一支.综上所述,4个稻田养殖鲤群体单倍型多样性较高,核苷酸多样性较低,群体间分化显著,应作为4个进化显著单元分别进行种质资源保护与利用.本研究揭示了我国华南地区4个稻田养殖鲤鱼群体的遗传结构和亲缘关系,丰富了稻田鲤鱼种群种质资源的基础资料,可为其种质保存、开发与利用奠定理论基础.