基于rDNA-ITS序列建立LAMP检测水稻潜根线虫的方法

水稻潜根线虫(Hirschmanniella oryzae)在水稻产区普遍存在,是水稻(Oryza spp.)的主要植物寄生线虫,在世界范围内造成产量损失.本研究通过比较GenBank数据库中潜根属线虫相关序列,以水稻潜根线虫ITS-rDNA序列为靶标,设计了水稻潜根线虫LAMP的一组特异性引物,包括一对外引物(F3:5'-ATCTTGTCCTTTGGCACG-3',B3:5'-CGGTTGAA-CAAACAACGT-3')和一对内引物(FIP:5'-CAGCATAGCAACAGAATGAATTCACGGTCGTAAACCTAATACGCG-3',BIP:5'-TTGTACTACAATGGATTGTTTTCGCCTGATCCATCCACCCATG-3');用琼脂凝胶电泳法和 SYBR Green I 染色法筛选合适的引物和扩增条件,建立了优化的水稻潜根线虫LAMP检测条件:扩增温度为57℃,反应时间为45 min,反应体系中dNTPs和MgSO4的浓度分别为1.4 mmol·L-1和7 mmol·L-1.本研究建立的检测方法可以检测鉴定水稻潜根线虫不同发育时期虫态(雌虫、雄虫、幼虫)个体,还可以从近缘种和其他植物寄生线虫混合的样品及水稻根组织样品中直接检测出水稻潜根线虫,且检测灵敏度达到1/1 000条成虫DNA.