基于字符卷积神经网络的生物医学变异实体识别方法

从海量生物医学文献中挖掘变异信息对生物医学复杂疾病研究具有重要意义.在当前的变异实体识别方法中,基于条件随机场模型的方法取得了不错效果并成为主流方法,但存在需要大量特征工程来提升模型性能的缺点.针对此问题,该文提出一种基于字符卷积神经网络的变异实体识别方法CharCNN-CNN-CRF.该方法首先利用一个多窗口大小的卷积神经网络获取字符级别的词表示,然后使用多层卷积神经网络编码上下文信息,最后通过CRF层解码得到整个句子的标签序列.实验结果表明,该方法仅使用随机初始化的字符向量作为输入就能快速、有效地识别变异实体,无需复杂的特征工程.同时也在tmVar和MutationFinder两个数据集上都取得了目前最好的结果(F值分别为88.34％和93.57％).