甲型流感病毒感染野生型和Ifitm3-/-小鼠的纵膈淋巴结的转录组学研究

干扰素诱导的跨膜蛋白3 (Interferon-induced transmembrane protein 3,IFITM3)敲除小鼠(Ifitm3-/-小鼠)感染流感病毒后,表现出更为严重的病理损伤和死亡率.最近的研究发现,IFITM3蛋白表达也会影响机体针对流感病毒的适应性免疫反应效果.由于空间效应,纵膈淋巴结在机体抵抗流感病毒急性期感染的适应性免疫应答过程中发挥重要功能,本研究欲探究使用流感病毒鼠肺适应株A/PR/8/H1N1进行感染后,野生型和Ifitm3-/-小鼠的纵膈淋巴结中与免疫相关的差异表达基因.本研究对流感病毒PR8感染后第3d的纵膈淋巴结进行RNA-Seq测序.高通量测序共检测到有1 312个差异表达基因,其中上调和下调差异表达基因分别为904和408个.这些差异表达基因主要参与炎症反应与细胞凋亡信号通路、T细胞和B细胞受体信号通路、T细胞和B细胞激活与细胞因子分泌等信号通路.采用荧光定量PCR对部分免疫相关的差异表达基因进行验证,结果与RNA-Seq测序结果一致.本研究为进一步阐明IFITM3在适应性免疫应答中拮抗流感病毒的分子机制奠定了基础.