全基因组数据应用于多克隆副溶血弧菌感染暴发的病原学分析

目的 应用实时荧光PCR方法和基因组重测序分析等技术对一起副溶血弧菌(VP)导致的腹泻暴发事件进行病原学分析.方法 收集暴发事件的病例信息,采集病例样本,使用实时荧光PCR方法筛选常见腹泻致病菌,分离鉴定VP并进行血清型鉴定,检测菌株毒力基因,采用微量肉汤稀释法检测菌株对抗菌药物的敏感性,使用全基因组测序技术进行菌株的遗传学分析.结果 9份肛拭子共分离出13株VP菌株,其中O4∶KUT血清型7株(trh-/tdh+),O1∶KUT血清型6株(5株trh+/tdh+,1株trh-/tdh-).在检测的30种抗菌药物中,所有菌株仅对氨苄西林耐药,对其他29种抗菌药物均敏感.在基于全基因组序列的遗传学分析中,13株VP形成4个相互独立且遗传距离较远的分支,Lineage 1(O4∶KUT、trh-/tdh+,2株)、Lineage 2(O1∶KUT、trh-/tdh-,1株)、Lineage 3(O1∶KUT、trh+/tdh+,5株)和Lineage 4(O4∶KUT、trh-/tdh+,5株),其中3例患者由来源于3个不同遗传分支的VP混合感染.结论 本次事件由多血清型、多克隆的VP感染导致,基因组重测序技术在腹泻病暴发的病原分析中有较好的应用前景.