食管鳞状细胞癌差异DNA甲基化位点初筛及异常甲基化谱的构建

目的 采用基因芯片技术初筛食管鳞状细胞癌和正常组织间差异DNA甲基化位点,构建特异性食管癌抑癌基因甲基化谱.方法 用Illumina公司450K芯片对食管鳞状细胞癌、癌旁及正常食管黏膜组织行DNA甲基化检测并行对照分析,共分析485 577个位点,按甲基化p差值和差异分值结合Genecards、Intogen等数据库筛选异常高基化位点,对筛选出的差异甲基化基因进一步采用飞行质谱法验证.结果 食管鳞状细胞癌和正常食管黏膜组织间差异显著的位点共33 717个,其中高甲基化位点27 670个,主要分布于基因体和启动子5’非翻译区.结合数据库对基因生物学功能的描述以及文献报道,初步筛选出包含TMEFF2、CDH1 3、ING2、CASZl、IQGAP2、ADAMTS9、AIM、TRIT1、KLF6、EBF3等在内的差异甲基化基因.其中AIM2基因3个CG位点的甲基化频率在病例和对照中的差异均无统计学意义.芯片检测中发现的CASZ1_CpG_5及其周围的多个CG位点在食管鳞状细胞癌组织中均呈现高甲基化状态.结论 基因芯片技术可用于食管鳞状细胞癌差异甲基化位点的初筛,但构建的抑癌基因异常甲基化谱在应用前尚需进行大样本、多阶段验证.