羊口疮病毒单抗可变区氨基酸序列及同源建模分析

为了解羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)单克隆抗体2E4的抗体可变区的分子特征,选择其轻链和重链可变区基因分别进行体外扩增和测序,并通过IgBLAST程序分析(http:// www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/),确定了2E4抗体可变区的互补决定区(complementarity determining regions,CDRs)和骨架区(framework regions,FRs)氨基酸结构.继而,采用SWISS-MODEL同源建模方法,展示抗体分子轻、重链可变区的三维空间构型,并推测出可能的OR-FV B细胞抗原表位多肽结合部位(pocket).目的基因测序结果显示:2E4轻链可变区(VL)基因扩增全长为324 bp,编码108个氨基酸;2E4重链可变区(VH)基因扩增全长为345 bp,编码115个氨基酸.IgBLAST结果显示:轻链与GenBank公布的GHP53(GI:197494)单抗轻链可变区序列基因序列一致性达到97.6％;重链与VHSAF34 (GI:215263227)单抗重链可变区基因序列一致性达到98.6％.并且,2E4轻链CDRs(CDR1-CDR3)分别位于25～34 aa、52～54 aa和91～98 aa的序列位置;重链CDRs(CDR1-CDR3)分别位于25～32 aa、50～57 aa和96～104 aa的序列位置.同源建模分析结果显示:这些CDRs区域共同形成的“pocket”极可能作为抗原表位多肽结合的位点.最终成功克隆2E4单抗可变区基因,分析了抗体轻、重链可变区CDRs构成形式,模拟了其空间构型,为进一步了解和验证“CDRs-表位”特异性结合的分子机制,并在Orf免疫保护中加以应用提供了可能.