测序深度对RNA编辑识别算法的影响

Zhao Cheng-Hui, Hong Hao,Li Wan-Ying,Li Rui-Jiang,Jiang Shuai,Li Hao,Chen He-Bing,Bo Xiao-Chen

PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS（2019）

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摘要

RNA编辑是重要的转录后修饰过程,目前已有多种算法用于识别RNA编辑,本文主要研究小鼠中测序深度对RNA编辑识别算法的影响,从而为RNA编辑的研究给出建议的方法.本文使用STAR比对软件将小鼠的RNA-seq数据进行序列比对,然后使用GATK识别SNV,并用Separate Method、GIREMI、RNAEditor 3种方法识别出RNA编辑位点.最后对3种方法识别RNA编辑位点的共同部分、识别效率、识别稳定性、识别与测序深度的关系进行分析.结果发现3种方法识别的编辑位点数目差异大,共有位点较少,随着测序深度的增加,识别的RNA编辑位点数也在增加.结果表明RNA编辑识别算法在小鼠中的识别性能与测序深度呈正相关.

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关键词

RNA editing,sequencing depth

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