杭州地区2009-2014年间人博卡病毒1型的全基因组序列测定及遗传进化分析

目的：调查杭州地区2009—2014年间人博卡病毒1型（ human bocavirus 1， HBoV1）全基因组序列的遗传变异和分子进化特征。方法采集2009—2014年间浙江大学医学院附属儿童医院急性呼吸道感染患儿咽拭子标本，采用实时荧光PCR检测HBoV1，最终挑选15株病毒载量高的阳性样本进行全基因组扩增和测序。测序结果上传至GenBank，利用生物信息学软件分析序列。结果15株HBoV1病毒全基因组序列共检测到48个核苷酸突变，最终导致11个氨基酸变化，其中5个位点处于磷脂酶（ PLA2）活性区。基于全基因组编码序列的进化分析表明HBoV1可以分为3个分支，本研究的15株病毒全部属于分支1，与瑞典代表株ST2属于同一簇。另外，进化树构建结果表明VP1／VP2基因可以替代全基因编码序列来构建HBoV1的进化树。 HBoV1全基因组序列的进化速率为每年3．03×10－4（95％HPD，2．14×10－4～3．92×10－4）突变点／位点，对于单个基因，NS1的进化速率最慢，而NP1的进化速率最快。 HBoV1四个基因的选择压力ω值都小于1，表明所有基因都处于纯化选择下，其中VP2的纯化选择压力最强，而NP1的纯化选择压力最弱。结论杭州地区2009—2014年间流行的HBoV1均属于ST2基因型，PLA2活性区变异率相对较高。全基因组序列虽然保守，但进化速率很快，其中NP1基因进化速率最快。4个基因均处于纯化选择压力下，其中VP2基因的纯化选择压力最强。