Performance diagnostique de la biologie moléculaire dans un département d’Outre-mer géographiquement isolé

Introduction Qu’il s’agisse de maladies dites emergentes, de maladies tropicales negligees ou d’epidemies plus classiques (dengue, grippe, rougeole), la detection precoce de nouveaux risques infectieux sur un territoire est une priorite. La position geographique, isolee au nord du canal du Mozambique et au carrefour de l’Afrique et de l’Asie, le climat tropical, les echanges avec les pays voisins, les conditions de vie precaire et la densite de population qui caracterisent Mayotte l’exposent plus que tout autre DOM au risque infectieux. La performance diagnostique de la biologie moleculaire est un atout majeur dans le contexte locoregional. L’ile est aussi un « hotspot » de la transmission des pathogenes entre animal et Homme. Notre objectif est d’illustrer cette demarche qui permet d’assurer une prise en charge precoce et adaptee des patients, de mettre rapidement en oeuvre les mesures preventives et de documenter l’epidemiologie des maladies infectieuses. Materiels et methodes A partir d’une base de donnees anonymisees 2016–2018, etude retrospective des demandes de PCR dans le cadre de syndromes « dengue like » (SDL) et grippaux, d’infection invasive a Staphylococcus aureus et de suspicion clinique d’Angiostrongylose. Techniques PCR « in house » multiplex. Le SDL est defini par fievre associee a plusieurs symptomes non specifiques en absence de tout autre point d’appel infectieux (negativite du test rapide paludisme) ; recherche de leptospires et arbovirus. Resultats SDL : 3681 PCR ; 463 cas (12,6 %) confirmes de leptospirose (environ 20 % d’hospitalisation), 5 cas confirmes de dengue tous importes (3 de type, 2 de type 2), 1 cas confirme de Zika importe, aucun cas de chikungunya, 5 cas autochtones de fievre de la Vallee du Rift (alerte fin 2018 d’une epidemie toujours en cours). Syndrome grippaux : 387 PCR ; 140 cas confirmes de grippe (122 Infuenzavirus A et 18 B, caracterisation des souches par le CNR de la grippe). S. aureus producteur de la leucocidine de Panton-Valentine (SAPVL + ) ; 176 PCR ; 120 SAPVL + (68 %). Angiostrongylose : 18 PCR ; 3 positifs dont 2 meningo-encephalites a eosinophiles. Conclusion Pour une demarche diagnostique optimale au niveau de notre territoire, il est essentiel de disposer localement des bons outils moleculaires, la rapidite etant la garantie d’une meilleure prise en charge de nos patients. Toutefois, la difficulte est l’accreditation de ces techniques « in house ». Hormis ceux cites, d’autres tests moleculaires sont disponibles a Mayotte (Yersinia pestis, MersCov, toxines cholerique et diphterique, coqueluche). La reflexion se poursuit pour etre en capacite de detecter d’autres agents infectieux dans notre laboratoire, exemple des enterovirus dans le cadre des encephalites ou d’autres Bunyavirus.