Identification de nouveaux allèles HLA en séquençage nouvelle génération HOLOTYPE OMIXON : retour d’expérience de 8 laboratoires EFS

Huit laboratoires pilotes de l’EFS ont deploye en 2016 une technique de sequencage HLA nouvelle generation HOLOTYPE (OMIXON). Depuis, des typages ont ete menes sur les locus A et B (13704), C, DRB1, DRB3, DQB1 (13516), DPB1 et DQA1 (4735). Deuxx cent dix-sept nouveaux polymorphismes ont ete identifies, representant en moyenne 2.3 nouveaux alleles/1000 typages/locus. Ces mutations ont ete differenciees selon qu’elles s’accompagnent d’une modification de la resolution 6 digits seulement ( n  = 65, sequence proteique inchangee), d’une modification de la resolution 4 digits, mais pas de la haute resolution ( n  = 117) ou d’une modification de la haute resolution ou de la creation d’un allele nul ( n  = 35, modification de l’expression des domaines presentant les peptides antigeniques). Les frequences observees pour chacun de ces types de mutations/1000 typages/locus sont : A *  : 0.6, 0.1, 0.1 ; B *  : 0.6, 1.1, 0.4 ; C *  : 1, 2.4, 0.4 ; DRB1 *  : 1.2, 1.6, 0.3 et DRB3 * 0.0, 0.1, 0.0 ; DQB1 *  : 0.6, 1, 0.1 ; DPB1 *  : 0.6, 1.7, 0 ; DQA1 *  : 1.7, 1.7, 0.6. Ces donnees confirment le faible polymorphisme des genes de la classe II en dehors de l’exon 2. Neanmoins, le plus grand nombre des mutants modifiant la sequence proteique concernent les domaines non impliques dans la presentation de l’antigene, particulierement pour les locus C, DRB1, DPB1 et DQA1 car non explores systematiquement avant le NGS. Deux nouveaux alleles nuls HLA-B * et C * (indetectables par les autres methodes de typage : codon stop dans l’exon 1) ont ete identifies qui auraient pu constituer un mismatch pour une allogreffe non apparentee. Le NGS permet donc de detecter des mutants ayant un impact clinique reel (alleles nuls) ou qui reste a estimer (alleles exprimes)