Anticiper l'émergence d'anomalies génétiques grâce aux données génomiques

Avec le recent developpement des approches reposant sur le genotypage et sequencage a haut debit, identifier la mutation responsable d’une anomalie a partir de quelques cas est beaucoup plus simple qu’auparavant. Toutefois, il n’est pas toujours possible d’observer des cas et de disposer du materiel biologique correspondant. Cet article presente deux approches reposant sur l’analyse de donnees a haut debit, permettant d’identifier des mutations recessives letales ou d’orienter plus efficacement leur recherche a partir des donnees de sequence du genome. La premiere approche utilise les donnees de genotypage a haut debit pour rechercher des regions du genome presentant un deficit en homozygotes. Cette methode a deja permis de caracteriser plusieurs mutations dans chacune des races bovines analysees. Dans la seconde approche, on recherche dans les donnees de sequence disponibles des variants dont l’annotation suggere qu’ils ne sont pas toleres a l’etat homozygote. Le nombre de faux positifs est eleve, mais ces donnees permettent d’orienter la phase d’observation et de diagnostic plus efficacement et, dans les cas les plus favorables, d’anticiper l’emergence de l’anomalie. Des exemples sont fournis avec le gene RP1 responsable de degenerescence retinienne ou le gene EDAR responsable de l’absence de poils et de dents.