Quantitative LC-MS liefert keinen Hinweis auf m6dA oder m4dC im Genom von Mausstammzellen und -geweben

Bis vor kurzem war im Genom von hoheren Organismen neben den kanonischen Basen nur 5-Methyl-dC (m5dC) als modifizierte Base zur Kontrolle epigenetischer Prozesse bekannt. Diese Ansicht anderte sich dramatisch mit der Entdeckung von 5-Hydroxymethyl-dC (hmdC), 5-Formyl-dC (fdC) und 5-Carboxy-dC (cadC) in DNA aus Stammzellen und Hirngewebe. Zuletzt wurde N6-Methyldesoxyadenosin (m6dA) im Genom diverser eukaryotischer Organismen entdeckt. Diese Base, zusammen mit N4-Methyldesoxycytidin (m4dC), war zuerst aus dem Bakteriengenom bekannt. In dieser Arbeit wurden die Level und die Verteilung dieser potentiell epigenetisch relevanten DNA-Basen mithilfe einer neuen ultrasensitiven UHPLC-MS-Methode untersucht. Des Weiteren wurden quantitative Daten fur m5dC, hmdC, fdC und cadC erhalten, aber m4dC und m6dA wurden in DNA aus Mausstammzellen sowie Gehirn- und Lebergeweben nicht detektiert, was deren epigenetische Relevanz infrage stellt.