Passages inter-espèces des virus de l’immunodéficience humaine et simienne chez les primates

À ce jour, plus de 40 virus de l’immunodéficience simienne (VIS), contre partie animale des VIH ont été décrits. Les structures génomiques de ces VIS sont proches de celles des VIH. L’apparition des VIH serait le résultat de passages de VIS à l’homme. L’Afrique centrale se caractérise par une remarquable diversité VIH : tous les sous-types du groupe Majeur, la majorité des formes recombinantes, les variants des groupes M, O, N et P y sont retrouvés. Cette situation témoigne de l’ancienneté de l’épidémie dans cette région. Le VIH-1 du groupe Majeur (M) représente la majorité des isolats caractérisés à ce jour (plus de 30 millions d’infections en 2010) avec 9 différents sous-types (A-K) et plus de 40 formes recombinantes. Le VIH-1 groupe O se caractérise par une très grande diversité génétique. La découverte des rares cas de VIH-1 groupe N a été la première preuve d’une transmission inter-espèce des VIS des chimpanzés à l’homme et de l’importance des mécanismes de recombinaison entre les souches lentivirales des primates. En 2009, un variant atypique du VIH-1 dit groupe P présentant un lien phylogénétique étroit avec les VIS des gorilles a été mis en évidence chez une patiente camerounaise, vivant en France. Les preuves de ces transmissions inter-espèces des virus de l’immunodéficience des primates à l’homme sont confortées par les similarités des génomes viraux, les parentés phylogénétiques et les prévalences des VIS chez leurs hôtes naturels et par la superposition géographique entre VIS et VIH.