橄榄转录组SSR信息分析及分子标记开发与应用

选取不同品种(系)橄榄成熟果进行转录组测序,结果获得296 314条序列,应用MISA软件进行SSR位点分析,获得86 084个SSR位点,分布在70 686条序列中,SSR在所检测序列中出现频率为23.86％,其中54 735条序列含有两个及以上的SSR位点,占比达68.4％;橄榄转录组中SSR序列以复合型核苷酸、单核苷酸、二核苷酸重复类型为主,三者占SSR总数的88.88％;单核苷酸、二核苷酸重复类型中优势基元分别为A/T、AG/CT/TC/GA.以6个不同橄榄品系(种)为研究对象,对随机挑选的99对SSR引物进行有效性与多态性筛选,最终开发了 53个有效性SSR分子标记,12个多态性SSR分子标记.利用开发的12个多态性EST-SSR标记对59份橄榄种质进行多态性评价与群体结构分析,结果共检测到48个多态性位点,香农多样性指数平均0.876,多态信息含量平均0.426.利用混群模型分组、UPGMA聚类和PCA对59份橄榄种质进行群体结构分析,混群模型分析结果与UPGMA聚类结果、主成分分析结果有类群上的交叉,但类群数有所不同,混群模型将其划分为3个类群;UPGMA聚类分析在遗传相似系数为0.68处划分为2大种群,与PCA方法分类结果相同.研究结果认为开发的12对SSR标记遗传多样性丰富、有效,为橄榄种质资源鉴别提供可靠的基础工具.