李白盾蚧转录组分析及SSR位点开发

李白盾蚧Pseudaulacaspisprunicola(Maskell)寄主范围广泛,是一种重要的入侵害虫.本研究利用高通量测序平台(Illumina NovaSeq 6000)对李白盾蚧进行转录组测序、de novo从头组装及功能注释,在此基础上筛选其微卫星(SSR)位点,并挖掘微卫星引物.研究共获得李白盾蚧转录组60 296条转录本,24 967条单基因(unigenes)序列.通过GO数据库注释,将所有unigenes的功能分为生物学进程、细胞组分和分子功能三大类41个亚类功能区.KOG数据库注释结果显示,5 085条unigenes归到25个基因家族,注释到一般功能预测的数目最多.KEGG代谢通路富集分析显示6 668条unigenes注释到280个代谢通路,其中注释到内质网中蛋白质加工的数目最多.利用MISA软件共搜索到微卫星位点18 193个,分布在9 043条unigenes中,占总unigenes数量的36.22％,平均每2.29 kb出现一个SSR位点.其中主要重复类型为单核苷酸重复,占SSR位点总数的72.03％,其次为三核苷酸重复(15.90％)和二核苷酸重复(8.48％).单核苷酸重复主要为A/T(71.16％),二核苷酸重复主要为AG/CT(5.20％).基于Primer Primer 3软件设计出12 538对李白盾蚧SSR引物,从中随机挑选50对引物进行PCR验证,共29对引物可以稳定扩增出目的片段.本研究成功组装了李白盾蚧转录组数据,并基于转录组数据成功筛选出其微卫星位点,为未来该虫的种群遗传学以及入侵生物学研究提供了数据支撑.