青海省1例外省输入性猴痘病毒基因特征分析

目的:基于扩增子技术结合高通量测序技术和生物信息分析技术，构建青海省猴痘病毒基因组测序、病毒变异分析及病例分子溯源方法，为今后青海省猴痘疫情防控提供技术支撑。方法:以猴痘病毒核酸阳性样本DNA为模板，利用Ampliseq扩增子技术进行全基因组靶向扩增并构建测序文库，利用Ion Torrent GeneStudio S5二代测序仪及其内置软件完成猴痘病毒全基因组测序、数据优化、变异分析及序列拼接，获得一致性序列。使用在线分析工具进一步分析病毒变异和基因组谱系分型，构建进化树进一步分析病例病毒潜在来源。结果:皮疹拭子和口咽拭子样本猴痘病毒基因核酸检测Ct值分别为32.13和36.91，皮疹拭子样本经猴痘病毒全基因组测序后获得一条高质量有效序列，reads数匹配率为99.99%，测序平均深度12 370×，基因组覆盖度为99.4%，序列属于IIb(西非分支)B.1.3型，存在86处核苷酸突变位点，引起41个氨基酸突变。变异分析和系统进化树分析结果显示，与GISAID猴痘病毒数据库中国云南、日本近期提交的共4条猴痘病毒基因组序列在同一分支，与中国云南提交的序列EPI_ISL_18059184(2023-07-03采样)进化关系最近，共享82个核苷酸突变位点，其中云南序列仅存在共享的全部82个突变位点，本研究序列在共享82个核苷酸突变位点的基础上增加2个核苷酸突变位点；与日本提交的序列EPI_ISL_17692269(2023-04-28采样)进化关系较近，共享78个核苷酸突变位点，存在7个核苷酸突变位点差异，日本序列在共享78个突变位点的基础上增加1个核苷酸突变位点(G57786A)，本研究序列则增加6个核苷酸突变位点(G13563A、C21062T、G101241A、C142797T、G152866A、T169721A)。结论:从一例核酸检测Ct值较低的样本中获得一条全长197 084 bp的猴痘病毒全基因组有效序列，成功构建了青海省基于Ampliseq扩增子技术的猴痘病毒全基因组测序、病毒变异和分子溯源方法。