黄药大头茶叶绿体基因组密码子偏好性分析
Journal of Southwest Forestry University（2023）
摘要
为探究黄药大头茶叶绿体基因组密码子使用模式和影响因素,利用CodonW和CUSP在线程序对筛选出的 42 条CDS进行分析.结果表明:黄药大头茶叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以 A/U结尾;ENC值介于 35.64～53.19,密码子偏好性较弱;密码子数量与 GC3 和ENC之间呈显著正相关,密码子的偏好性与基因长度有关.中性绘图分析、奇偶偏好性分析和有效密码子绘图分析结果显示:自然选择对密码子使用模式有重要影响,19 个最优密码子进一步证明了密码子偏好以A/U结尾.CDS系统发育树偏向于物种进化关系的构建,RSCU聚类重在对密码子特殊进化规律的挖掘,二者可为推测物种、基因间的相似度和进化关系提供重要数据.本研究为黄药大头茶密码子的进化特征及叶绿体基因工程研究提供了有用信息.
更多关键词
Polyspora chrysandra,chloroplast genome,codon usage bias,optimal codon,phylogeny
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