河北省大白猪繁殖性状基因组选择参考群体构建和应用

联合育种是我国生猪遗传改良计划的重要工作,联合育种能够扩大群体规模,增加群体内遗传变异,提高育种值估计的准确性,且相较于传统育种方法对低遗传力的繁殖性状有着更明显的效果.本研究收集了河北大好河山养殖有限公司、河北裕丰京安养殖有限公司、石家庄清凉山养殖有限公司(以下分别简称大好河山、京安和清凉山)3 家育种场共 6790 条大白猪的繁殖性状,构建了基因组选择合并参考群体,通过基因型填充将纽勤50K(Geneseek)芯片基因型填充到液相50K,采用一步法进行基因组联合遗传评估.结果表明:清凉山与裕丰京安两场遗传背景相近,大好河山场与其他两场存在较远的联系;基于系谱信息预测大好河山个体的总产仔数育种值准确性为 0.170,基因组预测准确性则为 0.324;通过联合基因组遗传评估,总产仔数基因组预测的准确性进一步提升至 0.347,比基于单场系谱信息提高了 104%.本研究表明通过基因型填充统一各场SNP芯片类型,构建河北省大白猪繁殖性状基因组选择参考群,从而进行联合基因组选择是可行的,尤其对提高常规育种进展缓慢的繁殖性状意义重大.