溶藻弧菌脉冲场凝胶电泳分子分型方法的优化及应用

目的 优化溶藻弧菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型方法,并应用到食品与腹泻患者的分离菌株,分析其多样性.方法 通过BioEdit软件对5种溶藻弧菌标准菌株全基因组序列进行677种酶的限制性片段分析,选择片段数量适中、有效片段比例高的酶作为备选酶,并模拟电泳效果图.再利用溶藻弧菌标准菌株及分离菌株对备选酶进行验证试验,确定PFGE分型方法.结果 根据片段数量、有效片段比例及PFGE模拟图,显示SfiⅠ、NotⅠ、SbfⅠ和MreⅠ片段分布相对均匀,标准菌株和分离株验证结果显示,sfi Ⅰ和NotⅠ分别为溶藻弧菌PFGE分型的首选酶和备选酶,且脉冲场电流转换时间分别为2.16s～63.8s和10 s～35 s.22株食品和腹泻患者分离株PFGE分子分型辛普森多样性指数为100.00％,获得良好的分辨率.结论 sfiⅠ是作为溶藻弧菌PFGE分子分型的最优限制性内切酶.此研究提供的程序可用于其他细菌PFGE方法的建立.