基于网络药理学和分子对接模拟探析山慈菇治疗骨肉瘤的潜在药效机制

目的 基于网络药理学探讨山慈菇治疗骨肉瘤的药效分子与药效机制,并采用分子对接模拟技术验证其潜在药效靶点.方法 选择TCMSP数据库和HERB数据库预测山慈菇的活性成分及相关靶点;GEO数据库筛选骨肉瘤差异表达基因;取骨肉瘤差异表达基因与山慈菇预测靶点的交集获得交集基因,Cytoscape 3.8.1软件构建山慈菇活性成分-骨肉瘤靶点的关联网络;交集基因导入STRING数据库构建PPI网络,Cytoscape 3.8.1软件拓扑分析筛选出山慈菇治疗骨肉瘤的核心靶点;基于R语言的Bioconductor软件合集对交集基因进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;应用Auto Dock 1.5.6和Vina进行分子对接模拟活性成分与核心靶点的结合强度.结果 从TCMSP与HERB数据库筛选出山慈菇预测22个及其对应的靶点96个;从3个骨肉瘤芯片(GSE36001、GSE28424、GSE19276)中筛选出3178个骨肉瘤差异表达基因;活性成分的96个调控靶点和3178个骨肉瘤差异表达基因映射获得预测靶点43个.PPI拓扑分析获得4个核心靶点,即PTGS2、SRC、ESR1、CASP3;GO富集分析获得结果1518条,其中BP结果1419条,CC结果13条,MF结果85条;KEGG富集分析获得信号通路133条,主要涉及细胞凋亡、肿瘤坏死因子和P53等信号通路.分子对接模拟验证4个核心靶点和对应的9个山慈菇活性成分结合能力,获得结合能＜-5 kcal/mol的对接结果11对.结论 从分子水平揭示了山慈菇治疗骨肉瘤具有多成分、多靶点和多向药理学特征,为山慈菇治疗骨肉瘤的药效成分和靶点研究提供依据.