桑黄菌丝体转录组SNP/Indel位点分析

通过对不同生长状态桑黄菌丝体进行转录组测序,分析SNP/Indel位点的分布和特征.结果表明,桑黄菌丝体的GC含量范围在不同的生长状态下变化不大,且处于51.38%～52.32%.共有6 244个基因检测到SNP/Indel位点,4 031个基因含有41 663个SNP位点;5 922个基因检含有22 813个Indel位点,5 756个基因检测到20 164个插入位点,1 852个基因检测到2 649个缺失位点.SNP类型以转换为主,密码子第一位碱基出现SNP位点的数目最多,包含1个SNP位点的基因数最多,为有848个.缺失类型以3 bp、4 bp 的类型最多,插入类型以 1bp 的类型最多.1 402 个基因在KEGG数据库获得功能注释.上述结果表明,桑黄转录组SNP/Indel位点数量多、类型多样,为桑黄种质资源鉴定等提供参考.