应用Illumina NovaSeq测序技术对骨癌患犬肠道菌群的分析

通过分析骨癌患犬与健康犬肠道菌群组成与基因功能预测,筛选出作为犬骨癌评价依据的细菌,为下一步犬益生菌制剂的开发提供理论依据.本研究采集骨癌患犬与健康犬的新鲜粪便并提取其DNA进行Illumina NovaSeq高通量测序.结果显示:2组犬肠道菌群的Shannon、Simpson、Chao1指数无显著差异(P＞0.05),骨癌组犬的ACE和Observed_species指数显著低于健康组(P＜0.05).在门水平上,犬骨癌组肠道中梭杆菌门(Fusobacteriota)和拟杆菌门(Bateroidota)的平均相对丰度显著高于健康组(P＜0.05),而变形菌门(Proteobacteria)显著低于健康组(P＜0.05);在属水平上,犬骨癌组肠道中梭杆菌属(Fusobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的平均相对丰度显著高于健康组(P＜0.05),而布劳特氏菌属(Blautia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)和Turicibacter属显著低于健康组(P＜0.05).PCoA分析表明2组的肠道菌群存在显著差异(P＜0.05).LDA差异贡献分析发现骨癌组的丰度增加并具有统计学差异(P＜0.05)的物种有13个,且造成显著影响力最大的5个物种正好位于同一个进化树上.Tax4Fun功能预测分析显示,骨癌组的碳水化合物代谢、能量代谢、聚糖生物合成与代谢、辅助因子和维生素的代谢通路显著高于健康组(P＜0.05),但膜转运、信号转导、细胞群落-原核生物、转录显著低于健康组(P＜0.05).本研究结果丰富了对骨癌患犬肠道菌群变化的认识,肠道优势菌(梭杆菌属和拟杆菌属)有可能作为一种生物标志物用于犬骨癌的早期诊断.