基于GEO数据分析的猪病毒源siRNA

RNA干扰(RNA interference,RNAi)是宿主细胞抗病毒的关键方法之一,其核心切割酶Dicer会将病毒复制过程中产生的双链RNA切割成长度为21-23 nt小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA).病毒源siRNA可直接靶向降解病毒的mRNA,阻断病毒复制.本研究一方面筛选NCBI GEO(National Center for Biotechnology Information Gene Expression Omnibus)数据库中有关猪病毒感染后产生的小RNA序列,分析比对病毒vsiRNA以探讨vsiRNA数量和其在病毒基因区域的存在规律.研究结果表明RNAi系统中Dicer对正链RNA病毒有一定的切割偏好性,并且可以识别与切割DNA病毒转录过程中产生的双链RNA.另一方面,本研究发现猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)感染猪骨髓源树突状细胞后,宿主细胞的IFN-α、IFN-β与Dicer的表达量均显著下调,表明PEDV通过抑制IFN及RNAi的产生来实现免疫逃避.综上,本研究以猪相关病毒感染细胞时所产生的vsiRNA为切入点,探讨RNAi在抗病毒过程中的作用,为猪相关疫病的研究以及防控提供一种新的思路.