肺炎链球菌StkP蛋白B细胞及T细胞抗原表位的生物信息学分析

目的 运用生物信息学方法对肺炎链球菌StkP基因编码蛋白的理化性质、结构等进行分析,并预测其潜在的B细胞以及T细胞抗原表位.方法 通过NCBI数据库获取StkP蛋白氨基酸序列的相关信息;运用ProtParam软件分析StkP蛋白的理化性质;采用ProScale软件预测StkP蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性、β-转角;使用SOMPA和SWISS-MODEL在线服务器分析StkP蛋白的二级结构并构建其三级结构;分别采用ABCpred及IEDB软件综合预测其B细胞表位,采用SYFPEITHI软件分析确定其T细胞表位.结果 StkP蛋白由659个氨基酸组成,理论pI值8.61,原子组成为C3197H5234N872O997S14,不稳定指数为40.13,归类为不稳定蛋白,平均亲水系数(GRAVY):-0.2 94,属于亲水性蛋白;StkP蛋白的二级结构中α螺旋占33.08％,延伸链占19.58％,β-转角占7.74％,无规卷曲占39.61％.ABCpred及IEDB软件预测StkP蛋白潜在的B细胞表位分别为9个和7个;SYFPEITHI在线程序预测该蛋白含有8个CTL细胞表位和13个Th细胞优势表位.结论 生物信息学方法预测肺炎链球菌StkP蛋白为不稳定亲水性蛋白,含有多个潜在的B、T细胞抗原表位,为以StkP蛋白为基础的新型亚单位疫苗的研究提供了理论基础.