Methylation profiling identifies stability of isocitrate dehydrogenase mutation over time.

Objective:Isocitrate dehydrogenase (IDH) mutation status is a key diagnostic and prognostic feature of gliomas. It is thought to occur early in glioma tumorigenesis and remain stable over time. However, there are reports documenting a loss of IDH mutation status in a subset of patients with glioma recurrence. Here, we identified patients with a documented loss of IDH mutation status longitudinally and performed multi-platform analysis in order to determine if IDH mutations are stable throughout glioma evolution.Methods:We retrospectively identified patients from our institution from 2009 to 2018 with immunohistochemistry (IHC)-recorded IDH mutation status changes longitudinally. Archived formalin-fixed paraffin-embedded and frozen tissue samples from these patients were collected from our institution's tumour bank. Samples were analysed using methylation profiling, copy number variation, Sanger sequencing, droplet digital PCR (ddPCR) and IHC.Results:We reviewed 1491 archived glioma samples including 78 patients with multiple IDH mutant tumour samples collected longitudinally. In all instances of documented loss of IDH mutation status, multi-platform profiling identified a mixture of low tumour cell content and non-neoplastic tissue including perilesional, reactive or inflammatory cells.Conclusions:All patients with a documented loss of IDH mutation status longitudinally were resolved through multi-platform analysis. These findings support the hypothesis that IDH mutations occur early in gliomagenesis and in the absence of copy number changes at the IDH loci and are stable throughout tumour treatment and evolution. Our study highlights the importance of accurate surgical sampling and the role of DNA methylome profiling in diagnostically uncertain cases for integrated pathological and molecular diagnosis. Le profilage par methylation permet de determiner la stabilite des mutations de l'isocitrate-deshydrogenase au fil du temps.Objectif :L'etat des mutations de l'isocitrate-deshydrogenase (IDH) est un element cle du diagnostic et du pronostic des gliomes. On croit que les mutations se produisent au debut de la tumorigenese des gliomes et qu'elles restent stables au fil du temps. Toutefois, la perte de cet etat de stabilite des mutations de l'IDH a ete documentee dans certains rapports concernant un sous-groupe de patients, au moment de la reapparition des gliomes. Il sera donc question, dans l'article, de patients chez qui la perte de cet etat de stabilite des mutations de l'IDH a ete documentee longitudinalement, et l'equipe a procede a une analyse multiplateforme dans le but de determiner si les mutations de l'IDH etaient stables tout le long de l'evolution des gliomes.Methode :Il s'agit d'une etude retrospective de dossiers de patients reperes dans la base de donnees de l'etablissement des auteurs, de 2009 a 2018, indiquant des changements de l'etat des mutations de l'IDH observes a l'immunohistochimie (IHC) et consignes longitudinalement. Des echantillons de tissu fixes au formaldehyde et enrobes de paraffine (FFPE) et de tissu congeles provenant de ces patients ont ete retires de la banque de tissus tumoraux de l'etablissement. Les echantillons ont ete analyses a l'aide de diverses techniques : le profilage par methylation, les variations du nombre de copies, le sequencage selon la methode de Sanger, l'amplification en chaine par polymerase numerique en gouttelettes (ddPCR) et l'IHC.Resultats :Ont ete revus 1491 echantillons de gliome conserves, dont ceux de 78 patients presentant des mutations de l'IDH et recueillis longitudinalement. Dans tous les cas documentes de perte de cet etat de stabilite des mutations de l'IDH, le profilage multiplateforme a mis en evidence la presence d'un melange d'un faible contenu en cellules tumorales et de tissu non neoplasique, y compris de cellules perilesionnelles, reactives ou inflammatoires.Conclusion :L'analyse multiplateforme a permis de resoudre tous les cas de perte de cet etat de stabilite des mutations de l'IDH, documentes longitudinalement. Les resultats confirment l'hypothese selon laquelle les mutations de l'IDH se produisent au debut de la gliomagenese et que, devant l'absence de changement du nombre de copies aux differents locus de l'IDH, celles-ci sont stables tout le long du traitement et de l'evolution des tumeurs. L'etude fait donc ressortir l'importance de la qualite des prelevements de tissu en cours de chirurgie et le role du profilage du methylome de l'ADN dans les cas d'incertitude diagnostique en vue de l'integration de resultats histopathologiques et moleculaires en pareille circonstance.