基于甘薯耐盐转录组测序的SSR和SNP特征分析

旨在对甘薯耐盐转录组中潜在的SSR和SNP位点进行挖掘及特征分析,以完善甘薯分子标记.试验以不同耐盐甘薯品种的转录组序列为基础,利用MISA、GATK软件分析了转录本中的SSR和SNP信息.结果显示,研究共获得SSR位点33192个,分布在24323条Unigenes中,出现频率为21.11％.其中,6271条Unigenes含有超过1个以上的SSR位点.SSR类型以单核苷酸重复SSR和双核苷酸重复SSR为主.在重复基元中,A/T和AG/CT所占的比例最高,为优势基元.在157252条Unigenes中共挖掘到SNP位点7691906个,分布密度为0.08个/bp.其中转换类型有4729922个,颠换类型有2961984个.在所有突变类型中,C/T和A/G含量最高,分别为占总数的32.34％和29.15％.综上所述,甘薯转录组具有较丰富的SSR和SNP标记,多态性较高,可为甘薯抗逆品种筛选、种质培育等研究奠定理论基础.