基于生物信息学分析管腔/雄激素受体亚型三阴性乳腺癌的生物学靶点及其与预后的关系

目的 利用生物信息学方法筛选管腔/雄激素受体(LAR)亚型三阴性乳腺癌(TNBC)的特异性生物学靶点,并分析其与患者预后的关系.方法 从TCGA数据库下载乳腺癌患者转录组测序数据,包括113例TNBC患者和597例非TNBC患者.筛选TNBC中差异表达上调的基因,然后采用多尺度嵌入式基因共表达网络分析技术筛选核心模块和核心基因.使用数据集GSE76245和UALCAN数据库对核心基因在不同亚型TNBC中的表达进行验证,使用CCLE数据库探索该基因在泛癌细胞系和乳腺癌亚组细胞系中的表达差异.使用Shao数据集分析核心基因与LAR亚型TNBC患者预后的关系.结果 与非TNBC患者相比,TNBC患者中存在1903个差异表达上调,这些基因被聚类为21个模块,其中C3模块是核心模块,催乳素诱导蛋白(PIP)基因是核心基因.GSE76245数据集和UALCAN验证结果均提示PIP基因在LAR亚型TNBC中的表达高于其他亚型TNBC(均P<0.05),CCLE数据库分析结果提示PIP在泛癌细胞系和乳腺癌亚组细胞系中的表达存在差异(均P<0.05).预后分析结果提示,PIP基因表达量降低是LAR亚型TNBC患者预后的独立危险因素,低表达的LAR亚型患者的3年和5年疾病累计复发风险均高于高表达者(均P<0.05).结论 PIP基因在LAR亚型TNBC中的表达高于其他亚型,其或可成为LAR亚型TNBC的特异性生物学靶点,上调该基因的表达或有助于改善此类型乳腺癌患者的预后.