牛冠状病毒河北流行株部分基因全序列测定及分子特征分析

牛冠状病毒(BCoV)是引起新生犊牛腹泻的重要病原之一,在世界范围内广泛分布,严重影响养牛业的健康发展.为确定河北省BCoV流行毒株的基因遗传进化特征,本研究对从河北省某牛场腹泻犊牛的粪便和肠内容物中鉴定出的1株BCoV流行毒株(BCoV/CH/HB-BD/2019),进行了S、N、HE基因的全序列扩增及测定,并与GenBank中的51株牛冠状病毒参考株进行了各基因的同源性和遗传进化分析.结果显示:BCoV/CH/HB-BD/2019与BCoV参考株相比,S基因具有2个独特的氨基酸变异位点(N311S、D1276Y);在HE基因中HB-BD株出现2个独特的氨基酸变异位点,分别为G400V、D423H;虽然在基因的重组分析中,HB-BD株HE基因序列并没有检测到基因重组信号,但通过检测我们发现,HB-BD株HE基因序列为其新疆毒株(KU886219.1)推测的主要亲本毒株;进化分析发现,BCoV HB-BD株与人冠状病毒(HCoV-OC43)均属于β类冠状病毒属2a亚群,且同源性高达96.0％,而正在全世界范围内传播的SARS-CoV-2属于β类冠状病毒属2b亚群病毒,BCoV与SARS-CoV-2属于同一冠状病毒属不同亚群.本研究为牛冠状病毒病的防控以及进一步揭示冠状病毒之间的关系提供了依据.