基于生物信息学分析的AK001058在胃癌中的作用及机制探讨

目的 探讨AK001058在胃癌发生发展中的上下游调控机制.方法 利用生物信息学分析的方法,于多个数据库或网站(lncLocator、UCSC、lncatlas、ensembl、Genome Browser、NCBI、CHIP-Seq及AnnoLnc)进行数据搜索汇总.结果 AK001058全长1631bp,是位于编码蛋白基因之间的LncRNA,定位于染色体5 p13.3(chr5:33,523,536-33,525,166),亚细胞定位主要在胞浆;与AK001058有有相互作用的基因有ADAMTS12和FOXC2-AS1,均与胃癌发生密切相关;与AK001058有相互作用的蛋白有CTCF和HNRNPA2B1,而HNRNPA2B1与胃癌关系密切;在上游调控中AK001058受5个转录因子的调控:EBF1、Egr-1、MafF、MafK和FOXA1,FOXA1亚细胞定位主要在细胞浆,与胃癌的关系更加密切;多种miRNA家族(miR-15abc/16/16abc/195/322/424/497/1907、miR-218/218a、miR-101/101ab、miR-144等)可与AK001058的不同位点相结合发生相互作用.结论 AK001058受多种转录因子的调控,多个miRNA参与AK001058的基因表达或功能调节,AK001058也调控了部分与胃癌关系密切的基因及蛋白;AK001058可能广泛参与胃癌发生发展,具体作用机制有待进一步研究.