NDV基因Ⅶ型与基因Ⅱ型感染CEF后microRNA表达谱分析

本研究旨在探究新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)流行株HB株(基因Ⅶ型)与疫苗株La Sota株(基因Ⅱ型)在感染鸡胚成纤维细胞(Chicken embryo fibroblasts,CEF)36 h后宿主细胞microRNA(miRNA)表达谱变化情况.通过高通量测序技术分别对La Sota株与HB株感染CEF后36 h后的样本与参考鸡源基因组进行系统比对,筛选差异表达miRNA并对其靶基因进行GO功能注释以及KEGG通路富集.最后随机筛选5条miRNA通过实时荧光定量PCR(Real-time quantification PCR,RT-qPCR)进行验证.结果表明,La Sota与HB感染组中已知miRNA分别为56.9％ 和47.8％;La Sota与HB感染组通过差异性比较后共筛选出10条差异表达miRNA;通过对差异表达基因的靶基因进行GO与KEGG富集发现,其主要在细胞代谢、生物合成以及应激信号传导等通路上出现显著富集;RT-qPCR结果与RNA-seq结果趋势一致,证明了测序结果的可靠性.为进一步揭示不同NDV毒株感染CEF以及在感染过程中miRNA发挥的调控作用提供了研究基础.