基于比较基因组学的高地芽孢杆菌6ww6分子标识筛选及其快速鉴定

[目的 ]高地芽孢杆菌(Bacillus altitudinis)6ww6是一株根际耐盐促生菌,可以作为微生物肥料的优选菌种.为了加强菌种知识产权保护,建立菌株快速检测方法.[方法]本研究通过基因组比对分析、TBLASTn检索、NR库检索验证并剔除有其他同源的结果序列,最终得到菌株6ww6的孤儿基因,设计引物进行PCR鉴定.[结果]筛选出5个特异性基因J939_13195、J9319_05960、J9319_13355、J9319_05965 和 J9319_13350.引物 5960F 和 5960R 可以单一性扩增出菌株6ww6的目的基因J9319_05960,确定其为菌株6ww6的特异性分子标识.[结论]本研究确定了菌株6ww6的唯一性身份编码,建立了以比较基因组学和孤儿基因为基础的菌株水平上的鉴定方法.该方法具有快速、精确、能鉴定到菌株水平的优点,对于有价值微生物的知识产权保护提供了有力的抓手.