荣昌猪初产繁殖性状的全基因组关联研究

旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因,为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源.本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型,经过质量控制和基因型填充后,保留35 046个SNPs用于分析.采用主成分分析法研究群体结构,利用混合线性模型(mixed-linear model,MLM)将出生年、出生月作为固定效应,将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS).结果显示,在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP;在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs,3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs.通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180 bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重,1个显著的SNP(SSC1:279 214 647 bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数,暗示基因在不同性状间具有一因多效性.本研究根据候选基因的相关分子生物学功能,确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重的重要候选基因,MSH3和CBLB基因为影响荣昌猪死胎数的重要候选基因.以上结果为荣昌猪繁殖性状提供了重要的遗传变异位点和候选基因,也为荣昌猪繁殖性状的基因组选择提供了重要的理论基础.