猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5扩增产物与其克隆后测序结果的比较

为了明确PCR产物直接测序与克隆后测序结果的差异,验证PCR产物直接测序的"准确性",将从两个规模化猪场采集的组织样品(A、B)PRRSV ORF5 PCR阳性扩增产物胶回收后连接至pMD19-T载体,分别取15个阳性亚克隆单菌落,同原始PCR产物进行测序,对两个样品各获得的16条序列进行比对分析.结果显示:A、B两组样品16条序列间的核苷酸同源性分别为84.2％～100％、87.4％～100％,PCR产物与其15个亚克隆测序获得序列的核苷酸同源性分别为87.7％～97.3％、87.9％～100％.遗传演化分析方面:样品A序列与其亚克隆序列被划分在谱系1、5、8,占比分别为6.25％、87.50％、6.25％,与其12个亚克隆序列同属于谱系5;样品B与其亚克隆序列被划分在谱系5、8,占比分别为68.75％、31.25％,与其10个亚克隆序列同属于谱系5.结果表明,同一样品中PRRSV ORF5序列具有多样性,不同样品的PRRSV ORF5序列丰富度不同.结果提示,在生产实际中,通过PCR对PRRSV ORF5产物进行直接测序,对于了解场内流行毒株具有一定的指示意义.