3种单细胞全基因组扩增方法对1～4 Mb拷贝数变异检测性能的研究

目的 比较3种单细胞全基因组扩增(WGA)法(SurePlex、MALBAC和MDA)对1～4 Mb拷贝数变异(CNV)的检测性能,为胚胎植入前非整倍体遗传学检测(PGT-A)选择最佳方法提供依据.方法 采用3种含有已知1～4 Mb CNV的细胞系,分别以上述3种方法进行WGA扩增,对扩增产物统一采用Veriseq构建PGT?A测序文库,illumina?NextSeq550测序平台进行测序,最后采用嘉宝仁和公司的PGXCould生信平台进行信息学分析.对比各方法的PGT?A分析结果,综合评估其性能.结果 3种方法均可获得足够的WGA产物,并成功构建测序文库.扩增产物浓度中,MDA>SurePlex>MALBAC,差异有统计学意义(P<0.05);建库产物浓度中,MDA>MALBAC>SurePlex,差异有统计学意义(P<0.05);3种方法测序获得有效reads平均值在10 M以上,且原始数据与基因组的比对率也均超过97％.基因组比对率、已覆盖基因组比例、SD值比较,MDA>MALBAC>SurePlex,差异有统计学意义(P<0.05).冗余序列比例的比较,SurePlex>MALBAC>MDA,差异有统计学意义(P<0.05).MDA法可辨识出3.59 Mb(GM24312)左右的CNV,而对于2.5 Mb(GM13325)及1.3 Mb(GM25372)很难辨识.其他两种WGA方法结果理想.结论 SurePlex和MALBAC均可用于1～4 Mb的CNV检测,且Sureplex法性能更优,但MDA法检测1～4 MbCNV存在一定风险.