两株猪细环病毒的全基因组序列分析

为了研究猪细环病毒(Torque teno sus virus,TTSuV)的流行及遗传变异情况,试验采用PCR方法对从河南省南阳市某规模化养猪场采集的疑似TTSuV阳性猪的淋巴结、肺脏、血清等样品进行检测,并对TTSuV1阳性样品进行全基因组序列测定、同源性分析、遗传进化分析和基因重组分析.结果表明:试验成功从样品中鉴定出2株TTSuV1毒株,其全基因组序列长度分别为2906,2920 bp,分别命名为HeN1-A9株和HeN1-A11株.两毒株与GenBank中TTSuV1型参考毒株的同源性为68.8％～96.0％,与GenBank中TTSuVk2型参考毒株同源性为46.8％～47.6％,两毒株之间的同源性为86.4％.基于TTSuV1全基因组序列构建的遗传进化树分析,两毒株均属于TTSuV1c亚型;而基于TTSuV1第3段基因组序列构建的遗传进化树分析,两毒株均属于TTSuV1b亚型.两毒株均是重组毒株,以西班牙的G21株(GU570201)为亲本毒株,我国的LNJZ株(KT968712)提供重组片段,重组位点分别位于基因组2195～2530 bp和2147～2650 bp处,重组区域为ORF1与ORF3的重叠部分.说明我国已出现新型重组的TTSuV毒株.