非洲猪瘟暴发前后我国猪繁殖与呼吸综合征病毒的流行变化

为了研究非洲猪瘟(ASF)暴发后我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行变化,本研究经PCR检测了 2017年1月～2020年12月全国18个省、市和自治区1 374份疑似PRRSV感染的病料样品,并对其中阳性病料样品的ORF5、nsp2基因测序并统计阳性样品的检出率,分析不同地区在ASF暴发前后PRRSV阳性检出率的变化趋势;分别利用GraphPad Prism 8.0及ORF5基因的进化树分析ASF暴发前后我国各亚型PPRSV及各地区PPRSV的流行变化趋势;根据nsp2基因推导氨基酸序列分析其缺失特征.ORF5基因和nsp2基因测序及统计分析结果显示,共检出PRRSV阳性病料样品779份(779/1374),其中ASF暴发前397份,ASF暴发后382份.ASF暴发后(2019年～2020年)我国各地PRRSV阳性检出率均有上升,华北地区PRRSV阳性检出率由60.47％上升至66.33％;东北地区由52.76％上升至53.27％;华东地区由60.93％上升至62.59％;中南地区由53.43％上升至57.50％.ASF暴发前后我国各亚型及各地区PPRSV流行变化趋势统计分析结果显示,ASF暴发后,NADC30-like PRRSV作为主要流行株,其检出率显著增长,从47.36％上升至65.97％;NADC34-like PRRSV的检出率也明显增长,从1.76％上升至 5.50％;但 HP-PRRSV、VR2332-like PRRSV 和 QYYZ-like PRRSV 的检出率明显降低,分别从 34.01％降至20.68％、6.80％降至3.40％、7.30％降至0.52％.可见ASF暴发后,我国大部分地区(华北、东北、华东、中南)NADC30-like PRRSV的流行趋势有所上升,但HP-PRRSV的流行趋势明显下降,并且随着ASF的流行,除中南地区外,我国各地NADC34-like PRRSV检出率明显上升.ORF5基因的遗传演化分析结果显示,ASF暴发前(2017年～2018 年)检测到 6 种基因亚型的 PRRSV(NADC30-like PRRSV、HP-PRRSV、NADC34-like PRRSV、VR2332-like PRRSV、QYYZ-like PRRSV、Type Ⅰ PRRSV),而 ASF暴发后还检测到 CH-1a like PRRSV.Nsp2氨基酸缺失特征分析结果显示,ASF暴发前后我国各亚型PRRSV Nsp2氨基酸序列特征均未发生变化.以上结果表明,ASF疫情的暴发对我国PRRSV的流行造成了较大影响,国内大部分地区PRRSV的流行加重,病毒亚型也变得更加多元化,NADC30-like PRRSV作为主要流行株在国内大部分地区的流行趋势不断升高,HP-PRRSV检出率虽有降低但仍在流行,NADC34-like PRRSV作为潜在流行株,其检出率不断上升.本研究聚焦在ASF暴发前后国内PRRSV的流行变化,对了解我国PRRSV流行现状及对PRRS的防控具有重要的指导意义.