江西地区啮齿动物中温州病毒的检测及病毒基因特征分析

目的 了解温州病毒在江西地区啮齿动物中感染的情况及病毒基因特征.方法 收集2021年江西省高安市、安义县两地啮齿动物鼠肺组织样本,提取样本核酸,采用温州病毒特异性引物进行巢式PCR扩增,PCR产物进行序列测定.采用Ion GeneStudio S5二代测序平台(NGS)对1株核酸阳性样本进行病毒基因组测序,采用CLC软件对基因序列进行分析.结果 共收集高安市、安义县啮齿动物肺组织标本164份,通过巢式PCR检出温州病毒3份,均来自高安地区的黄毛鼠.3株病毒部分L基因序列同源性93.66％～98.50％,氨基酸序列同源性95.21％～100％.选取1株病毒(JXGAW45/2021)进行二代测序,获得全基因组序列,其中S、L基因分别含3 429、7 145个核苷酸.基因组比对分析发现JXGAW45/2021与其他温州病毒核苷酸序列同源性为82.58％～85.75％,氨基酸同源性为88.76％～96.83％,在S、L基因系统进化树中均独立分支,为温州病毒新的变异株.结论 首次在江西地区啮齿动物中发现温州病毒.