基于选择信号分析揭示猪终端父本群体间性状趋同的关键基因

[目的]试验旨在揭示终端父本皮特兰猪与杜洛克猪在人工选择作用下重要经济性呈现出表型趋同的基因组变化特征.[方法]利用376头皮特兰猪、451头杜洛克猪品系Ⅰ、841头杜洛克猪品系Ⅱ和497头杜洛克猪品系Ⅲ群体的50K SNP芯片数据,以100 kb窗口、50 kb步长计算综合单倍型评分(his)和等位基因频率差(△AF),分别取前5％作为猪群体内、群体间的基因组选择信号候选区域;利用bedtools分别对his、△AF按照左右200 kb进行合并,每2个群体间合并后的his、△AF统计量的重叠区域定义为性状趋同区域,并挖掘该区域与猪重要经济性状相关的平行选择信号.[结果]his结果显示,在皮特兰猪和杜洛克猪4个群体内共检测到5 112个选择信号候选区域,总长约487.51 Mb.基于△AF方法,于皮特兰猪和杜洛克猪每2个群体间共检测到9 579个选择信号显著区域,总长约913.50 Mb.基于合并后的his和△AF,共检测到52个性状趋同区域,总长约4.67 Mb,注释到88个与猪的繁殖、胴体和肉质等性状相关的平行选择候选基因.[结论]皮特兰猪和杜洛克猪群体间存在性状趋同的基因组选择区域有52个,平行选择信号主要涉及猪的繁殖、胴体及肉质等重要经济性状,这与瘦肉型猪种相同的育种方向相关,这些关键基因的发现可为后续商业猪品种遗传改良提供参考.