滇黄精叶绿体全基因组序列及其密码子使用偏性分析

为探究滇黄精(Polygonatum kingianum)叶绿体全基因组特征和密码子使用偏性,利用第二代测序技术对滇黄精嫩叶进行测序,再经组装与注释后得到其叶绿体基因组全序列,通过MISA、EMBOSS和CodonW等软件对滇黄精叶绿体全基因组的SSR位点、系统发育及密码子偏好性进行分析.结果表明,滇黄精完整叶绿体基因组长度为155852 bp,基因组平均GC含量为37.7％,其大、小单拷贝区(LSC)长度分别为84633和18525 bp,反向重复区长度为26347 bp,注释了132个基因,包括86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个核糖rRNA基因.叶绿体基因组中共有69个SSR位点,绝大多数属于单碱基重复的A/T类型.系统发育分析表明滇黄精与格脉黄精(P.tessellatum)亲缘关系近,可能与分布地域有关.密码子偏好性分析表明,滇黄精叶绿体基因组密码子使用模式受到自然选择影响大于突变因素,最终确定9个最优密码子.因此,滇黄精叶绿体基因组遗传结构和系统发育位置及其密码子偏倚的分析,为叶绿体基因工程研究提供理论依据.