基于TCGA数据库挖掘恶性脑胶质瘤乏氧与免疫微环境相关预后价值基因

目的 挖掘恶性脑胶质瘤中与乏氧诱导因子-1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)表达存在相关性的免疫通路或基因,并进一步分析其对脑胶质瘤预后的影响.方法 从肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库提取脑胶质瘤HIF-1α基因表达谱数据,采用R语言分析HIF-1α基因与其他基因之间的相关性,通过GO和KEGG数据库对差异表达基因进行功能注释,包括细胞组分、生物学过程、分子功能及相关信号通路.并采集了 74例人脑胶质瘤组织进一步验证分析.结果 TCGA数据库中共收集到169例脑胶质瘤患者的数据,其中与HIF-1α基因有相关性的基因有455个.对455个满足条件的相关性基因进行GO和Pathway富集分析,共得到66个KEGG Pathway;最终发现基因TNFRSF1α的P值具有统计差异.进一步对比分析TCGA数据库169例脑胶质瘤患者与529例非肿瘤患者数据中TNFRSF1α表达的情况.结果 提示TNFRSF1α与HIF-1α在脑胶质瘤组织中显著高于癌旁组织.且人脑胶质瘤组织TNFRSF1α表达水平与胶质瘤的病理分级正相关.结论 KEGG通路发现TNFRSF1α基因与乏氧有关,提示TNFRSF1α基因可能与乏氧共同影响脑胶质瘤患者的预后.