质谱蛋白质组学研究中草莓雌蕊蛋白提取方法优化

为筛选适用于质谱蛋白质组学研究的草莓雌蕊蛋白提取方法,通过在传统酚提法中加入氯仿提取步骤建立了一种新的酚氯仿提取方法,并对三氯乙酸/丙酮沉淀法(方法Ⅰ)、酚提法(方法Ⅱ)和酚氯仿法(方法Ⅲ)提取草莓雌蕊蛋白的3种方法的适用性进行了评估.总蛋白提取得率、总蛋白鉴定通量、非共有蛋白亚细胞位置和亲疏水性分布4个方面的分析结果表明,酚氯仿法的蛋白提取效率最高,蛋白提取最全面.方法Ⅰ、方法Ⅱ、方法Ⅲ的蛋白提取得率分别为0.20％、0.12％和0.27％,总蛋白鉴定量分别为5170、5345和5697.韦恩图分析显示,方法Ⅲ交集到了方法Ⅰ和方法Ⅱ的大部分非共有蛋白.亚细胞定位分析显示,方法Ⅰ和方法Ⅲ的非共有蛋白主要分布在细胞核中,而方法Ⅱ则主要分布在细胞质中,表明3种方法具有不同的亚细胞偏好性.亲疏水性分析显示,方法Ⅰ亲水性蛋白比例最高但疏水性蛋白提取不足,方法Ⅱ则亲水性蛋白提取较少,方法Ⅲ兼顾了亲疏水性蛋白的提取.试验结果表明,3种方法中方法Ⅲ为草莓雌蕊的最优提取方法.